日本刺身虽然美味，但由于属于未经高温处理的生食，仍然存在细菌与寄生虫风险，例如副溶血性弧菌，以及常见的海兽胃线虫（Anisakis）。
不过，并不是所有刺身风险都一样，关键在于鱼类是野生还是养殖、来自淡水还是海水，以及是否经过专业超低温冷冻处理。
一般来说，野生正鲣（鲣鱼，Katsuo）、野生鲭鱼（青花鱼，Saba）属于寄生虫风险较高的鱼类。尤其鲭鱼在死亡后，寄生虫会迅速进入鱼肉，因此日本人常做成醋渍鲭鱼（Shime Saba）来降低风险，而完全生吃野生鲭鱼并不建议。
此外，淡水鱼如鲤鱼、香鱼、野生鳗鱼等，也不适合生食，因为容易带有肝吸虫、裂头绦虫等危险寄生虫。至于鲨鱼、旗鱼、老龄黑鲔鱼等大型掠食性鱼类，则容易累积甲基汞（Methylmercury）等重金属，建议少吃，孕妇与儿童尤其应避免。
相对来说，养殖三文鱼（Salmon/Sake）、金枪鱼（Maguro）、养殖真鲷（Tai）、鰤鱼（青甘，Buri）以及干贝（帆立贝，Hotate），都属于安全系数较高的刺身。尤其现代养殖三文鱼因长期使用人工饲料，几乎切断寄生虫来源；而金枪鱼通常会经过零下50°C以下的超低温急冻处理，因此风险较低。
很多人以为芥末（Wasabi）、姜、蒜或烈酒可以杀虫，其实效果非常有限，真正重要的还是食材来源与冷冻处理。购买时应认准“生食用”（Sashimi Grade）”标签，并尽量选择卫生良好、翻桌率高的新鲜餐厅。